Peltojen kipsikäsittely ei sovi kaikille pelloille, ja toimenpide saattaa aiheuttaa merkittäviä ympäristöhaittoja. MTK Vakan puheenjohtaja Jaakko Pietilä huomautti Uudenkaupungin Sanomissa, että kipsin sisältämä kalsium voi syrjäyttää kaliumia ja magnesiumia maahiukkasten pinnalta, mikä voi lisätä näiden ravinteiden huuhtoutumista. Jos täydennyslannoitteena käytetään biotiittia, sen mukana peltoon tulee erittäin myrkyllistä raskasmetalli kadmiumia. Myös kipsin mukana peltoon tulee paljon epäpuhtauksia.
Kipsiä käytetään neljä tonnia hehtaarille, mikä sisältää 640 kiloa rikkiä. Viiden vuoden aikana 4000 kilon viljasato ottaa rikistä vain 30 kiloa, jolloin loput 610 kiloa jää happamoittamaan pohjavesiä ja saaristomerta. Ympäristökeskuksen mukaan vapautuva sulfaatti huuhtoutuu muokkauskerroksesta parissa vuodessa. 100 000 hehtaarin kipsikäsittely tietää 60 miljoonan kilon rikkikuormaa saaristomereen.
Seppo Lohtaja nostaa esiin myös tutkimustulosten ristiriitaisuuden. Maaseudun Tulevaisuus kirjoitti 19.10.2022, että kipsikäsittely on Lounais-Suomen Savijoella toteutetun tutkimuksen mukaan vähentänyt fosforin ja orgaanisen hiilen huuhtoumaa. Ylemmällä alueella kipsillä käsitellyiltä pelloilta huuhtoutui hiukkasmaista, maa-ainekseen sitoutunutta fosforia viiden vuoden keskiarvona 72 prosenttia vähemmän kuin käsittelemättömiltä pelloilta, mutta alemmalla alueella huuhtouma vähentyi vain 19 prosenttia ja koko alueella keskimäärin 34 prosenttia. Liuenneen fosforin huuhtouma pieneni ylemmällä alueella 24 prosenttia, mutta alemmalla alueella liuennutta fosforia huuhtoutui kipsipelloilta 13 prosenttia enemmän kuin ilman käsittelyä, jolloin koko aluetta tarkastellen muutosta ei tapahtunut.
Kipsinlevityksen katsotaan sivuuttavan peltojen perusongelman eli humuksen vähenemisen ja maan tiivistymisen. Luonnonvarakeskuksen mukaan humuksen hajoamisvauhti on nykyisin 400 kg/ha/v ja samalla pelloista poistuu hiiltä 230 kg/ha/v. Lisäksi kipsinlevityskalusto on niin yliraskasta, että peltoon jää yli kahteen metriin ylettyvät pysyvät tiivistymisraiteet.